上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出广泛性的菌物特异性，有抗癌症和抗病性毒功用。大部分，三萜是完成甲羟戊酸有效途径制成的，并从本身作物和真菌感染中去除。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析参考文献。该探析挖掘三萜类单质野生虫草酸（GA）是完成介质激发的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微微生物转化成导致的。进行转录组和蛋白酶酶质组学科技进几步思考无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT导致四种野生灵芝粉酸（GA）的工作机制，并会按照两组学科技测量到的不同之处dna和不同之处蛋白酶酶，猜测DHT 微微生物生成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功能性分类管理

按照对无柄野生灵芝细菌菌丝体采取转录组测序共有67230个转录本和14299个单DNA遗传。在这个单DNA遗传中，492被检验为相互影响体现方法DNA遗传（DEGs），在这当中213个体现方法上浮，279个体现方法上涨（图1A）。GO含有进行深入分析后，DEGs包含海洋生物的时候（BP）、細胞组成成分（CC）和分子式基本功能（MF）3类。在BP行业类型中，经常出现了前四个子行业类型：抗菌素分解成分解转化的时候，乙酸盐分解转化的时候和甲酸盐分解转化的时候;而在CC行业类型中，細胞外区、突触符合体、突触组成是前四个亚类。这对于MF行业类型，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、被氧化呈现酶渗透性和酸氨（或酰胺）连接方式酶渗透性是前四个亚行业类型（图1B）。在DEGs的KEGG环路进行深入分析中，前30条含有度至高的环路中含27条都属于分解转化，在这当中甲烷气体分解转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分解转化、丙酸盐分解转化网络信号环路显著性含有（图1D）。

图1|转录类物质析和功能键种类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄虫草真菌感染菌丝体展开血清质组学阐述，共要认定了16,457种独家肽、2606种血清质和2588种一定量血清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选环境下，将在2606种血清质中，94种被鉴定费为不一致性表明血清（DEPs），在这当中52种上涨，42种调低（图2A），图2C现示了不一致性表明血清的聚类剖析法阐述热图。从GO阐述看来，BP品目现示，大多都数DEPs参与的冰醋酸盐产生步骤、消炎药化解产生步骤和治疗药物化解产生步骤。CC类DEPs在血癌細胞外区、过空气脱色物质酶体和微体中覆盖率最快，空气脱色抹除酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的百分比最快（图2B）。与转录组成果差不多，KEGG数据信号环路阐述现示，好多DEPs在产生中聚集，在这当中3条最聚集的路经是光合动物中的碳统一、碳产生和MAPK数据信号数据信号环路（图2D）。与此同时，凭借阐述GO数据库的CC对DEPs展开亚血癌細胞固定阐述和注音（图2E），DEPs具体分布范围在血癌細胞质（40.66%）、血癌細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统论上是GAs动物结合的具体区域。

图2|球脂肪酸组的酶联免疫法分享和效果查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物应用和比较组侯选人DEGs和DEPs制成了维恩图，有20个异同理解什么是dna（图3A）。对转录组和核球核蛋白组中E组和C组就有的DEGs/DEPs实施聚类解析解析，知道mRNA和核球核蛋白之中有13个上浮什么是dna和3个调低什么是dna，DEGs二者全文翻译的DEPs理解水平面呈正关于，立于Pearson的关于常数解析，在转录组和核球核蛋白组之中测量到取决于较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具结杲呈现，E组和C组16个DEGs的表示平行区别强势，在当中9个为调整DEGs，8个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表示变化趋势与转录类物质析结杲一样的。

图3|血清质组的降钙素原检测讲解和职能认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）